Das Präsidium besteht aus hauptamtlichen Präsidiumsmitgliedern, die von der Delegiertenversammlung gewählt werden. Es führt die Geschäfte des Vereins, entwickelt Strategien und Konzepte für Produkte und Dienstleistungen und setzt die von der Delegiertenversammlung beschlossenen strategischen Maßnahmen und Programme um. Dabei arbeitet das Präsidium mit Unterstützung der beiden Geschäftsstellen der GPM in Nürnberg und Berlin sowie der Zertifizierungsstelle PM-ZERT.
Prof. Dr. Peter Thuy wurde am 21. Mai 2022 von der Delegiertenversammlung zum Präsidenten der GPM gewählt. Neben dem betriebswirtschaftlichen Studium hat Prof. Thuy Berufserfahrung im Verlagswesen und in der Wirtschaftsprüfung gesammelt, ehe er an der Universität Bayreuth im Fach Volkswirtschaftslehre promovierte und habilitierte. Zahlreiche Lehraufträge im In- und Ausland sowie die Gründung und Führung einer Akademie für betriebswirtschaftliche Weiterbildung ergänzen sein Profil. Als Rektor und Geschäftsführer war er dafür mitverantwortlich, dass sich die Internationale Fachhochschule Bad Honnef/Bonn (heute: IU International University) von einem auf Tourismus- und Hotelmanagement spezialisierten Nischenanbieter zur größten deutschen Hochschule entwickelte. Darüber hinaus ist Prof. Thuy als Gutachter und Kommissionsmitglied im Bereich der Akkreditierung tätig und gehört seit 12 Jahren dem Vorstand des Verbandes Privater Hochschulen (VPH) an, zu dessen Vorstandsvorsitzenden er 2019 gewählt wurde.