Die GPM verfügt über zwei Geschäftsstellen: die Hauptgeschäftsstelle in Nürnberg sowie die Hauptstadtrepräsentanz in Berlin. Diese stellen den organisatorischen Kern der GPM dar und setzen die von der Delegiertenversammlung verabschiedeten Vorhaben und Projekte um.
Das Präsidium und ein Großteil der Abteilungen sind der Geschäftsstelle in Nürnberg zugehörig. Zu den Aufgaben der Hauptgeschäftsstelle zählen die Betreuung von Mitgliedern, Marketing, Produktmanagement, Veranstaltungsmanagement, Einkauf sowie Web-Services und IT-Anwendungen. Ebenfalls dort angesiedelt ist die PM-ZERT – die Zertifizierungsstelle der GPM Deutsche Gesellschaft für Projektmanagement e. V. Sie zertifiziert sowohl Personen als auch Organisationen.
In der Hauptstadtrepräsentanz in Berlin sitzen die Abteilungen Public Affairs und Bildung. Ziel dieser ist es, den Dialog zwischen Wirtschaft, Gesellschaft und Politik zu Fragen des Projektmanagements zu fördern.